La struttura aziendale di Zeta Farmaceutici S.p.A. si basa su due tipi di unità operative: il reparto industriale e quello commerciale. Il reparto industriale comprende, oltre all'area Ricerca e Sviluppo, l'area produttiva, la logistica e i magazzini. Il reparto commerciale comprende invece l'area customer care, con i servizi vendita e post- vendita e l'area marketing e comunicazione.